Η Χρηματοδότηση είναι ανεξάρτητη, μέσω της επιβολής τελών χρονοθυρίδας υπέρ του Ε.Ο.Σ.Π. στον φορέα διαχείρισης ενός συντονισμένου ή με διευκόλυνση προγραμματισμού αεροδρομίου, καθώς και στους αερομεταφορείς για κάθε χρονοθυρίδα απογείωσης ή προσγείωσης που κατέχεται, στο τέλος κάθε περιόδου χρέωσης.